В соответствии с Федеральным законом от 27.12.2009 № 345-ФЗ «О территориальной юрисдикции окружных (флотских) военных судов» (в ред. от 21.04.2023) юрисдикция Тихоокеанского флотского военного суда распространяется на территории Камчатского края, Приморского края, Магаданской области и Чукотского автономного округа.

Тихоокеанский флотский военный суд является вышестоящей судебной инстанцией по отношению к шести гарнизонным военным судам (Владивостокскому, Уссурийскому, Фокинскому, Спасск-Дальнему, 35-му и Анадырскому).